यह प्रमुख चुंबकीय वेधशाला है। इसे अप्रैल 1904 में बॉम्बे की कुलाबा चुंबकीय वेधशाला की उत्तराधिकारी के रूप में स्थापित किया गया था। यह भारत के पश्चिमी तट पर विषुवतीय इलेक्ट्रोजेट के प्रभाव से दूर स्थित है। दो ऐतिहासिक गैर-चुंबकीय इमारतों में से, एक में चुंबकत्वमापी स्थापित हैं, जो निरंतर दैनिक परिवर्तन मापन के अभिलेखन प्रदान करते हैं और दूसरा पूरी तरह से गैर-चुंबकीय पोरबंदर बलुआ पत्थर, पीतल या तांबे की फिटिंग के साथ निर्मित है जहां निरपेक्ष मापन लिए जाते हैं।

1997 से अलीबाग ने एक INTERMAGNET वेधशाला का दर्जा हासिल कर लिया। अलीबाग एक तटीय स्टेशन है, जहां चुंबकीय अभिलेखन अरब सागर से प्रेरित समुद्री धाराओं से प्रभावित होते हैं। अलीबाग वेधशाला भारतीय नौसेना, वायुसेना के चुंबकीय कम्पास के लिए एक अंशांकन केंद्र है, और अरब सागर तट पर किए गए एक समुद्री चुंबकीय सर्वेक्षण के लिए बेस स्टेशन के रूप में कार्य करता है।